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Anomalie #10012

vérification de la table de transcodage

Added by Samuel Dembski about 4 years ago. Updated almost 4 years ago.

Status:
Résolu
Priority:
Normal
Assignee:
Category:
-
Start date:
09/30/2016
Due date:
% Done:

0%

Estimated time:

Description

Ayant confronté la table de transcodage déposée sur le DMSF (version 0.1) avec la liste utilisée par l'indicateur du SEEE jusqu'à présent (datant du 18/03/2015), les différences suivantes sont constatées:
- les codes RANFLE, RANFLL, RANFLR étaient présents dans le fichier utilisé par SEEE et ont disparu de la table de transcodage. Bien qu'ayant pu vérifier que dans les données macrophytes que nous avions ces codes n'étaient pas utilisés, il s'agit tout de même de taxons présents dans le référentiel APT. Du coup ne devraient-ils pas figurer dans la table de transcodage, rattachés à RANFLA?
- RANPEN: ce taxon cité dans la norme était présent dans le fichier utilisé par SEEE mais ne figure plus dans la table de transcodage. Or à notre connaissance de nombreuses données sont rattachées au code RANPEN. Ne devrait-il pas se trouver dans la table d'autant que d'après le référentiel APT ce n'est pas un synonyme mais bien une appellation référente?
- RANPEN est codé par le Sandre pour Ranunculus penicillatus qui dans la table est associé à RANPEU qui lui n'existe pas dans le référentiel APT. Si on se fie au nom figurant dans la norme "Ranunculus penicillatus (Dumort.) Bab. var. penicillatus" (codé RANPEE dans la table), le référentiel APT renvoi non pas une mais 2 appellations taxon à savoir [19976](qui est celui de la table) et [38541] qui ne sont pas au même niveau taxonomique. Qu'en est-il?
- CALTRU vs. CALTRO: dans la table de transcodage CALTRO (Callitriche truncata subsp. occidentalis) est contributif ce qui est conforme au nom cité dans la norme mais pas au code qui est CALTRU. Peut-on confirmer que seul CALTRO est contributif et non pas CALTRU (qui est un taxon parent regroupant plusieurs Callitriches)? Si c'est le cas, dans la ligne de CALTRO les cd_taxon CONTRIB et cd_sandre CONTRIB ne devraient-ils pas être ceux de CALTRO?

Par ailleurs, on constate que certains taxons (code taxon) cités dans la norme ne sont pas repris dans la table de transcodage (ex: PHIFON est cité dans la norme mais c'est le code PHIFOG qui est utilisé dans la table pour ce taxon). Y a-t-il une raison/explication à cela?

History

#1 Updated by Christian Chauvin about 4 years ago

- codes RANFLE, RANFLL, RANFLR : je pense qu'il s'agit d'une "mise au norme" des codes Irstea, pour des codes qui n'ont pas encore été utilisés car non pertinents ou erronés. A vérifier en comparant les tables (je vais tenter de les regrouper pour les comparer)
RANPEN : il faudrait effectivement ajouter ce code en le rattachant à RANPEU, puisqu'il a couramment été utilisé.
RANPEN et taxons rattachés : Le passage à RANPEU correspondait à une remise à jour de l'organisation des appellations de ce taxon, si mes souvenirs sont bons. Il est normal que 2 taxons de niveau différent sy soit rattaché : R. penicillatus est l'espèce, R. penicillatus var penicillatus est l'autonyme, c'est à dire la forme caractéristique de R. penicillatus. Cette "variété" est créée automatiquement par doublement du nom d'espèce lorsque d'autres variétés sont décrites (pour mettre la variété "de base" de l'espèce au même rang que les nouvelles variétés). Pour notre méthode, les deux sont donc considérées comme synonymes.
_ CALTRO vs CALTRU : dans la révision de 2012, les codes ont été harmonisés à l'espèce pour les phanérogames, partout où cela était possible. Toutes les Callitriches du groupe truncata ont été rattachées à CALTRU. C'est donc CALTRU qui est devenu contributif par agrégation. de l'espèce et des sous-espèces.
- PHIFON a, de même, été corrigé. Il s'agit en fait du groupe fontanum, d'où le code PHIFOG. Les autres appellations y ont été rattachées.
Les évolutions ont parfois compris des modifications des taxons "contributifs". L'objectif est toujours de respecter "l'esprit" de la méthode (le calcul de l'IBMR en l'occurrence), même si c'est parfois un peu au détriment de "la lettre" (c'est la part "expert méthode" du travail à faire dans la forge.

Visiblement, la table de transcodage de la forge est beaucoup plus évoluée que celle qui avait été déposée dans le SEEE en 2013 (le travail de correction, mise à jour et complément a continué à être fait sur la table de transcodage, jusqu'en juin 2016).

#2 Updated by Christian Chauvin about 4 years ago

Remarque : je ne sais pas pourquoi une phrase apparait barrée. Ce n'est pas de mon fait (pas volontairement, du moins).

#3 Updated by Edouard Onno almost 4 years ago

  • Status changed from Nouveau to Résolu

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