Anomalie #11210

nouvelles appellations de taxons et codes 6L

Added by Christian Chauvin about 2 years ago. Updated over 1 year ago.

Status:NouveauStart date:03/07/2017
Priority:NormalDue date:
Assignee:-% Done:

80%

Category:Taxonomie générale
Target version:-

Description

Plusieurs taxons n'ayant pas de référencement dans le référentiels CE/PE et IBMR sont apparus lors du traitement de contrôle des données macrophytes 2014 et 2015 du bassin Adour-Garonne (codés NEWCOD).
Je vous propose ici des codes 6L conformes à la règle de codage pour ces taxons, à ajouter dans les référentiels.
Il s'agit de bryophytes non strictement aquatiques, de genres, ou de rudérales. plus le cas des hétérotrophes. Le tableau est joint en PJ. Quelques précisions :

Ayant trouvé un cas de notation d'un hétérotrophe non déterminé au genre (comme le prescrit le protocole Macrophytes), et sachant par d'autres relevés sur le même cours d'eau qu'il s'agit de Sphaerotilus, il s'avère que la non-prise en compte de ce taxon très particulier dans le calcul de l'indicateur génère un écart très important (de 1 à plus de 5 en valeur d'IBMR). Pour pallier ce biais, et même si cette pratique doit être utilisée avec précaution et parcimonie (elle déroge aux principes du relevé tel que prescrit par la méthode), je propose de créer un code "Hétérotrophe filamenteux", qui permettra de récupérer l'information, en l'associant à Sphaerotilus et Leptomitus dans la table de transcodage.

Plusieurs de ces appellations nouvelles pour le référentiel sont déjà codées Sandre. Cela met en évidence les problèmes de schéma de concertation et de mise à jour conjointe des référentiels (points que nous avons souligné dans les discussions).
D'autres n'ont pas de code Sandre. Dès que nous aurons validé ces propositions, le Sandre pourra les traiter, si pertinent.

Votre avis sur la pertinence de ces taxons (nous avons vérifié la validité des noms, mais cela nécessite une confirmation par le MNHN et le Sandre pour les codes) et propositions ?

Cordialement

NEWCOD_AG-2014-2015.docx (14.3 KB) Christian Chauvin, 03/07/2017 03:22 PM

NEWCOD_AG-2014-2015_revu_MNHN.docx (14.8 KB) Claire Régnier, 03/07/2017 06:34 PM

History

#1 Updated by Claire Régnier about 2 years ago

Voici la liste avec ajouts de codes TAXREF (pour les 5 noms scientifiques listés, les autres étant hors méthodologie TAXREF) et commentaires sur la validité le cas échéant.

#2 Updated by Benjamin ROTH about 2 years ago

  • % Done changed from 0 to 60

J'ai procédé aux proposition de création dans le MDM du Sandre des Appellations de taxon possédant un code TAXREF dans le fichier renvoyé par Claire :
- [42831] Herzogiella seligeri : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/414547
- [42832] Dicranella varia : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/414548
- [42834] Jungermannia hyalina : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/414550 (synonyme) et [42833] Solenostoma hyalinum : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/414549 (référent).

Pour les deux dernières Appellations de Taxon "Hétérotrophe filamenteux" et "Persicaria sp.", j'attends la validation du groupe pour les créer dans le référentiel Sandre.

Cordialement

#3 Updated by Christian Chauvin about 2 years ago

Merci pour vos retours. Je pense que le "nouveau" taxon "Persicaria sp." ne pose pas de problème (Claire ?) sous sa forme "Persicaria (genre)" pour le Sandre. Il s'agit du nom valide de ce qui était appelé "Polygonum".
Pour un code Hétérotrophe, il faut effectivement que sa pertinence soit validée. Comme je l'expliquais, lorsque que cette appellation se trouve dans un relevé, il faut trouver un moyen pour ne pas le perdre.
Cordialement

#4 Updated by Claire Régnier about 2 years ago

Je confirme, pas de soucis pour le genre Persicaria (L.) Mill., 1754, CD_NOM = 446721.

#5 Updated by Benjamin ROTH about 2 years ago

  • % Done changed from 60 to 80

J'ai créé le genre Persicaria (L.) Mill., 1754 dans le MDM du Sandre : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/414557/revisions/587294/view

J'attends la décision du groupe au sujet de l'appellation "Hétérotrophe filamenteux".
Cordialement

#6 Updated by Sébastien Boutry over 1 year ago

Bonjour,

Dans la fiche SANDRE son code métie Irstea_Mphyt est manquant.
Pouvez vous le compléter avec la proposition de Christian ?
Persicaria
http://mdm.sandre.eaufrance.fr/id/appeltaxon/42836/html
Cordialement
Sébastien

#7 Updated by Benjamin ROTH over 1 year ago

Bonjour,

J'ai ajouté :

- le code MPHYT_IRSTEA "SOCARV" à l'appellation de taxon [42560] Sonchus arvensis : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/414107/revisions/697649/view

- le code MPHYT_IRSTEA "PLNSPX" à l'appellation de taxon [42492] Plantago : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/414150/revisions/697647/view

- le code MPHYT_IRSTEA "THUTAM" à l'appellation de taxon [1380] Thuidium tamariscinum : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/274588/revisions/697645/view

- le code MPHYT_IRSTEA "PERSPX" à l'appellation de taxon [42836] Persicaria : http://mdm.sandre.eaufrance.fr/node/414557/revisions/697650/view

Les mises à jour seront disponibles sur le site Sandre lors de la prochaine publication du référentiel Sandre Appellation de Taxon.

Cordialement,
Benjamin

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