Anomalie #13633

nouveaux taxons / codes 6L

Added by Christian Chauvin over 1 year ago. Updated over 1 year ago.

Status:En coursStart date:11/20/2017
Priority:NormalDue date:
Assignee:-% Done:

90%

Category:-Estimated time:1.50 hour
Target version:-

Description

Bonjour,
en attaché un fichier avec une liste de taxons nouveaux dans notre base de données, issus des relevés Adour-Garonne. Pour proposition de création dans le référentiel SANDRE ou d'ajout du code 6L. Merci de votre contrôle et avis.

D'autre part, une question plus générale : nous avons régulièrement dans les relevés des taxons dont le rang n'est pas conforme à la méthode de relevé (IBMR en l'occurrence), par exemple "Oscillatoriales" ou "Nostocales". Nous avons déjà eu un certain nombre de cas similaires ("Poacée", "Composée"). Ces taxons sont codables ou codés SANDRE, mais ils n'étaient jusqu'ici pas considérés dans la bancarisation des données, car non conformes. Donc pas codés 6L.
Pour ma part, je considère qu'ils sont certes dans le relevé, donc à conserver en données brutes, mais ils ne doivent pas interférer avec les calculs d'indicateurs ou métriques. Si l'indicateur les ignore de toute manière, d'autres métriques (basés sur la richesse spécifique ou les groupes taxinomiques, par exemple) peuvent être impactées. Je propose donc de ne pas leur attribuer de code 6L, pour les distinguer lors des calculs. Ce qui fera coexister dans la base "macrophytes" des taxons codés SANDRE+6L et d'autres seulement SANDRE. Y voyez-vous un problème technique ? Votre avis de principe ?
Merci.
Cordialement

nouveaux taxons ou codes 20112017.csv Magnifier (1.64 KB) Christian Chauvin, 11/20/2017 04:08 PM

nouveaux taxons ou codes 20112017_RevuSandre.xlsx (12.5 KB) Benjamin ROTH, 02/12/2018 05:51 PM

History

#1 Updated by David Heudre over 1 year ago

Bonjour Christian,

Désolé pour le délai de réponse mais j'étais beaucoup en déplacement dernièrement.
Pour ta deuxième question, il s'agit à mon sens de décider si ces taxons que l'on laisse à des niveaux taxonomiques supérieurs (indéterminable avec précision par absence de fleurs par ex pour les vég. sup.) doivent être comptés dans la diversité stationnelle ou pas. Je te laisse seul juge du choix, mais cela ne me choque pas de ne pas les inclure et donc de les renseigner systématiquement comme NEWCOD pour le moment. Il risque toutefois de se poser prochainement un problème lorsque le SEEE fonctionnera en codes Sandre et non plus en codes métier : il ne sera alors plus possible de différencier ces taxons des autres. L'absence de codes métier ne peut donc être qu'une solution temporaire.

Pour la liste de nouveaux taxons, juste une remarque : Diadesmis convercea est une espèce qui n'existe pas. Il doit vraisemblablement s'agir de Diadesmis confervacea Kützing 1844.

Amitiés,
David

#2 Updated by Benjamin ROTH over 1 year ago

Bonjour,

J'ai procédé aux créations / mises à jour dans le MDM du Sandre. Vous trouverez en pièce-jointe le fichier Excel avec les nouveaux codes Sandre pour les 4 créations.

Il reste encore un taxon à traiter (en orange dans le fichier) avec mon commentaire. Le code MPHYT_IRSTEA DIECON doit-il être ajouté au code Sandre 7385 ?

Cordialement,

Benjamin Roth

#3 Updated by Christian Chauvin over 1 year ago

Bonjour,
je reviens sur les créations de taxons / codes, pour mettre à jour le référentiel.

Question de Benjamin pour DIECON : le taxon D. convacea est supprimé, car non pertinent, c'est une erreur d'écriture de D. confervacea. On garde donc uniquement 7385 pour cette espèce.

Solenopsis minuta ssp. corsica a été créée et incluse dans le référentiel, mais c'est une appellation non valide. J'ai donc ajouté aussi S. corsica, qui est l'appellation valide. code 6L SOOCOR (SANDRE 44495, déjà existant). Pourrais-tu ajouter le code 6L à la fiche SANDRE de S. corsica ? Sauf avis contraire de Claire sur cette synonymie.

Cordialement

#4 Updated by Christian Chauvin over 1 year ago

Pour la question générale du codage des niveaux taxo hors jeu, je n'ai pour le moment pas créé de code 6L pour les niveaux "familles" ou plus. A voir comment on gèrera par la suite, selon les besoins ? Si vous avez des avis complémentaires à celui exprimé par David...

#5 Updated by Benjamin ROTH over 1 year ago

Bonjour Christian,

Si j'ai bien compris, le code MPHYT_IRSTEA 'DIECON' doit être ajouté sur le code Sandre [7385] Diadesmis confervacea.

Pour Solenopsis minuta subsp. corsica (Sandre 44497 et MPHYT_IRSTEA SOOMIC), cette appellation de taxon est déjà synonyme de Solenopsis corsica (Sandre 44495) dans le référentiel Sandre. J'ajoute donc simplement le code MPHYT_IRSTEA 'SOOCOR' sur le code Sandre [44495] Solenopsis corsica.

Dans TAXREF, la synonymie est bien confirmée entre Solenopsis minuta subsp. corsica (Synonyme) et Solenopsis corsica (référent).

Cordialement

#6 Updated by Christian Chauvin over 1 year ago

Merci Benjamin, parfait.
Cordialement

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