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Demandes #18963

Codification et métriques Renoncules

Added by Mikaël Tréguier 9 months ago. Updated 7 months ago.

Status:
Nouveau
Priority:
Normal
Category:
Taxonomie générale
Start date:
01/23/2020
Due date:
% Done:

0%

Estimated time:

Description

Il apparait dans le SEEE une différence des cotes spécifiques et coefficients de sténoécie entre Ranunculus penicillatus subp/var pseudofluitans (RANPES = RANPED), Cs 12/20, Ei 1 (par ailleurs absent de la liste de la norme) et Ranunculus penicillatus var calcareus (RANPEC) Cs 13/20, Ei 2, taxon qui figure dans la norme. D’après la plupart des flores, dont Flora Gallica ou nouvelle flore de Belgique et du Nord de la FRance et ce qui a été enseigné aux formations Agrocampus (sauf erreur de ma part), il s’agirait pourtant des mêmes taxons.

De plus, si l’on s’arrête au niveau spécifique, Ranunculus penicillatus (RANPEU) est coté en Cs 12/20, Ei 1, donc différent de sa variété calcareus, ce qui semble incohérent.

La sous espèce Ranunculus penicillatus subsp/var penicilatus (RANPEE ou RANPEI) a, quant à elle, Cs 12/20, E = 1.

Mes questions sont les suivantes :

- Faut-il considérer la variété calcareus (à priori cela serait plus cohérent au vu de la norme) ou pseudofluitans à la saisie ? sachant que les 2 n’ont pas les mêmes métriques et qu’en cas de populations de grandes tailles, l’impact peut être important sur l’indice IBMR.
- Dans le cas où la variété calcareus serait privilégiée ne faudrait-il pas étendre ses métriques à la variété pseudofluitans pour éviter les confusions ?
- Dans le cas où la variété pseudofluitans serait privilégiée, ne serait-il pas judicieux de s’arrêter à l’espèce puisque les 2 variétés auraient dans ce cas les mêmes métriques (détermination facilitée et réduction du risque d’erreurs) ? »

Merci d'avance

Mikaël Tréguier

Ran_pennicilatus.ods (14.8 KB) Ran_pennicilatus.ods Christine FABRY, 03/13/2020 05:17 PM

History

#1 Updated by Sébastien Boutry 8 months ago

  • Assignee set to Christian Chauvin

#2 Updated by Christian Chauvin 8 months ago

Bonjour,
cette question remet en avant le problème de la prise en compte des taxons d'un rang inférieur à l'espèce (sous-espèce, variété, forme). L'indice a été construit en intégrant certains de ces taxons, sur la base des observations qui avaient été faites à l'époque.
Cela pose effectivement plusieurs problèmes :
- ces quelques taxons ne sont pas cohérents avec les principes de détermination à l'espèce pour les phanérogames ;
- les confusions sont courantes, ce qui invalide la précision que l'on recherche en prenant en compte ces taxons ;
- La détermination doit logiquement être réalisée au niveau des sous-espèces, variétés, formes pour les espèces concernées, si l'on veut pouvoir documenter les taxons infra-sépcifiques présents. Cela n'est pas du ressort des compétences demandées pour l'application d'une méthode de surveillance telle que l'IBMR-DCE ;
- lorsque la détermination n'est faite qu'au niveau de l'espèce, le taxon (portant parfois dominant et très indicateur) ne peut pas être pris en compte ;
- la taxinomie de ces niveaux est souvent très instable (c'est le cas pour les Ranunculus), ce qui rend incohérent l'affectation d'attributs écologiques différents.

Pour ma part, je suis favorable à une remise au niveau de l'espèce de tous les taxons (phanérogames). C'est ce qui est partiellement fait lors du calcul par le biais des tables de transcodage. Par exemple, lorsque Sparganium emersum (sans mention de la forme) est rencontré, il est associé à la forme "feuilles longues" pour le calcul, car c'est de loin le plus probable. Des agrégations sont également faites pour les Ranunculus, par exemple RANPEP/RANPEL ou RANPES/RANPEE.
Lorsque des CS différentes ont été affectées, c'est moins simple. Cela nécessitera une révision plus argumentée.
Une telle révision générale de l'indicateur est prévue, car plusieurs attributs sont à mettre à jour, et quelques taxons à ajouter parmi les contributifs. Mais cela ne peut être fait que dans un travail complet, qui reste à programmer. Quelques ajustements à la marge pourront sans doute être acceptables dans la révision de la norme actuellement en cours, si l'impact sur les résultats des calculs de l'IBMR reste négligeable.

En résumé, pour le moment, on ne peut pas répondre à la remarque de Mikaël sans un travail plus approfondi et argumenté pour modifier les attributs. Sauf si vous avez des éléments justifiant l'attribution des CE et E de RANPEC à l'agrégat RANPEC/RANPEE/RANPEC.
Cordialement

#3 Updated by Christian Chauvin 8 months ago

Complément :
R. penicillatus subsp. pseudofluitans (RANPES) avait été agrégé à l'autonyme de l'espèce R. penicillatus (R. penicillatus var. penicillatus -RANPEE), pour suivre la règle d'agrégation à l'espèce de tous les taxons infra-spécifiques, afin qu'ils contribuent au calcul de l'indicateur. A l'exception des taxons infra-spécifiques qui sont identifiés dans la liste originale des taxons contributifs au calcul.
S'il s'avère que RANPES est un synonyme taxinomique de RANPAC (R. pen. calcareus), on peut effectivement réagréger RANPES à RANPEC.

Vos avis ?
Claire, confirmes-tu la synonymie simple ?
Cordialement

#4 Updated by Christine FABRY 8 months ago

Bonjour,

En effet, comme Mikaël, j’avais retenu des formations Agrocampus que Ranunculus penicillatus subp pseudofluitans était synonyme de Ranunculus penicillatus var calcareus, donc avec CS/Ei 13/2.
Je serais donc également d’avis de corriger l’agrégation actuelle de la table de transcodage.

Je considérais jusqu'à présent que Ranunculus penicillatus subp pseudofluitans correspondait à la même chose que Ranunculus penicillatus var pseudofluitans (de même pour Ranunculus penicillatus subp penicillatus et Ranunculus penicillatus var penicillatus): est-on bien d'accord là-dessus ?
Dans la clé sous forme de tableau du Plant Crib 1998 que Jacques Haury utilise dans ses formations, sont différenciées Ranunculus penicillatus subp pennicilatus, Ranunculus penicillatus subp pseudofluitans var pseudofluitans (qui serait donc = Ranunculus penicillatus var Calcareus) et Ranunculus penicillatus subp pseudofluitans var vertumnus. Cette dernière est-elle synonyme de Ranunculus penicillatus subsp. vertumnus (RANPEV)agrégée à RANPEE ds la table de transcodage et de Ranunculus penicillatus var vertumnus (RANPER) agrégée à rien ? Si oui, ne faudrait-il pas aussi les agréger avec calcareus RANPEC ?
On y perd un peu son latin...
Julie, est-ce que Jacques Haury ne pourrait pas nous dire qui est synonyme de qui dans toutes ces Ranunculus pennicilatus ?
Ci-joint un tableau les listant avec leurs codes 6L, sandre, et le code 6L sur lequel le taxon est renvoyé dans la table de transcodage.

Bien cordialement,
Christine

#5 Updated by Christian Chauvin 7 months ago

Bonjour,
le cas des Ranunculus penicillatus (et dans une moindre mesure des R. peltatus) doit visiblement être remis à plat pour y voir plus clair avec l'état de la taxinomie aujourd'hui.
Il manque des appellations dans le référentiel IBMR, comme RANPER.

Serait-il possible que le MNHN nous précise l'état des synonymies sur cette espèce ? C'est sur cet état, en considérant les appellations rencontrés dans les bases de données de surveillance, que nous pourrons statuer et modifier les connexions de la table de transcodage.
Merci à Claire de nous dire si cela est possible.
Bien cordialement
Christian

#6 Updated by Christian Chauvin 7 months ago

  • Assignee changed from Christian Chauvin to Claire Régnier

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